世の中に蔓延する不可思議な現象の欺瞞を暴こうと、日々研究を続ける大学生・伴野紘汰。そんな紘汰の前に、ひとりの少女・琴坂真奈が現れる。事務的で淡々とした印象とは裏腹に、神秘的な現象の存在を信じて疑わない真奈との出会いが、人間関係の希薄な紘汰の身辺をゆっくりと変えていく――
ふたりの出会いから一ヶ月ほど経ったある日。紘汰が半ば強引に入会させられ、真奈も所属している弱小サークル・未科学研究会――ミカケン――に、池谷アオイと名乗る少女が不可思議な相談を持ち掛ける。それはアオイの持っている《次世代型携帯電話・リーンフォン》に、本人も知らない《ゴーストセンサー》という名のアプリが勝手にインストールされていた――という内容だった。
腕輪型の《近距離無線認証端末・サブジェクター》によって、完全な個人認証システムが整備されたこの大学で、本来起こり得ないはずのハッキング事件――
その相談に真奈はオカルト的な原因説を主張し、紘汰は真っ向からそれを否定――意見をぶつけ合うふたりを見かねて、紘汰の友人でもある河村瞭之が「実際にそのセンサーを使ってみよう」と提案。四人は《ゴーストセンサー》を使った“幽霊探し”を開始する。
遊び半分でセンサーの指示に従って探索を続ける中、とある薄暗い廊下の先に怪しげな扉を発見、開かないはずのその扉がなぜか解錠できてしまう。戸惑いながらも、恐る恐るその扉を開くと、その先にあったのは地下へと続く古ぼけた階段だった――
